Sí, el CCP seria la mejor opcion, si investigas bien sobre el uso del modulo, podras ver que podrías utilizar una señal para "disparar" el timer y otra para detenerlo. Asi (si sabes exactamente la velocidad del micro y el prescaler del timer) podes medir el tiempo de desfasaje facilmente. Imagino que con ese tiempo ya podes transformarlo a la unidad que necesites.