Hola amigo
Bueno debes configurarle la hora y fecha actual al DS con el programa que hiciste, con la lectura previa del datasheet, luego conectas el PIC al DS1307 para que le programes la hora y fecha, todo eso se hace con el circuito energizado a 5v todo normalmente conectado, despues le puedes instalar la pila al DS con la fuente aplicada porque sino cuando apages el circuito el DS se desconfigura de nuevo, o al menos que tengas el circuito energizado para toda la vida, con la pila puedes apagar el circuito, sacar el PIC, programarlo otra vez, montar el circuito final y el DS no se desconfigura porque esta alimentado con la pila.
Saludos