Con respecto a la simulación,gran parte de los usuarios de este foro usamos Proteus,ya que es totalmente visual,tiene un manejo muy sencillo e implementa todo lo necesario para simular casi cualquier pic.Para usar Mplab junto con ccs,necesitas un plug-in que creo q puedes conseguir en la página de microchip.
Al tema del programador.Yo tb tengo un jdm,y para ahorrarme el engorro de mete pic,saca pic,mete pic,lo que he hecho es sacar del zócalo del programador las conexiones correspondientes a los pines /MCLR,RB6,RB7 y GND.Así,cuando vayas a programar el pic en la protoboard,sólo tienes que conectarle estos cuatro cablecillos sacados del zócalo del programador.Hay que tener en cuenta un par de detalles:
Para programarlo,aparte de las 4 conexiones que he dicho,el pic tiene q estar alimentado,que se supone no va a ser un problema si está en la protoboard,ya que puedes usar la misma alimentación que lo hace funcionar.
El más importante.Hay que colocar un diodo(1N4148 por ej.) con el cátodo al pin /MCLR y el ánodo conectado a una resistencia de 10K a la alimentación del pic(Vcc).Esto se hace para que,al aplicar la tensión de programación(Vpp) en el terminal /MCLR,la corriente fluya hacia el pic y no hacia Vcc.