Vaya si que es curioso.
Este programa grabador de Microsystems, que es "el nuevo" que sacaron para Windows, porque el de DOS era un poco patatero no lo he usado nunca, pero por curiosidad he comprobado lo que comentas y es cierto, que cosa más rara. Efectivamente hay que editar el .hex y borrar la última línea donde esta un ; más el PIC utilizado.
Sin embargo si el .hex es proveniente del ASM o BASIC lo coge bien.
Si borrando la línea los programas te funcionan pués tendrás que amoldarte, pero efectivamente es una jodienda andar editando el .hex cada vez.
Si no se te soluciona, agenciate el WINPIC800 del amigo Sispic, un compañero del FORO. Es muy bueno, lo tienes en el subforo de programadores.
Un saludo