Tengo experiencia con los bootloaders, empece con ellos hasta hace poco, los usaba para los 16F87x, pensaba que era lo mejor, debuguear rapidisimo sin tener que sacar el micro, despues descubri el ICSP (In Circuit Serial Programing) y mas alla el GTP-USB que es una "bala"...
No te puedo decir sobre el bootloader para los 18F pero te recomiendo el ICSP, para mí, "no hay color".