Los FUSES son los bits de configuracion, estos estan alojados en la Flash, es como si fuera tu programa. Por lo cual al programarlo junto al programa lo grabas y no lo tocas mas.
2) Se pueden reconfigurar los Fuses en tiempo de ejecución?
Se podria en caso que el micro lo permita (grabar la flash en esa posicion de memoria) , pero como toda FLASH tiene muy pocos ciclos de escritura ( mucho menos que una EEPROM) y significaria que estarias arruinando el micro en el proceso. Ademas en una FLASH no borras 1 registro de 8 bits o un solo bit, sino que tenes que borrar todo una pagina y volver a escribirlo a todo, es decir deberias escribir todos los bits de configuracion. Y no solo el que te gusta.
Por eso mismo recibe el nombre de FUSES o fusible, basicamente lo quemas o lo dejas intacto al momento de grabarlo y no deberias cambiarlo. La unica razon que se me ocurre para estar cambiandolo es un bootloader. En el que el programa que llegue al micro desee utilizar cierto oscilador o que los pines de MCLR debieran funcionar como GPIO. Pero siempre tomando recaudos de que el bootloader no deshabilite el arranque con el oscilador interno ( por si las dudas en el programa alguien se equivoco en el tipo de oscilador )