Arduino no es mas que una placa que tiene un atmel, y el compilador de arduino nunca será igual de bueno que el propio de atmel, eso de "eficiencia" y arduino en la misma frase es un engaño, el IDE de arduino en general, es para facilitar el uso del micro para que la gente que no sabe programar o mucho de electrónica use arduino, por eso es muy utilizado, es como el CCS para pic mucho más fácil de programar pero no mejor.
No estoy muy seguro pero creo que nisiquiera tiene un debug en condiciones.
La mayoría de compiladores y micros nuevos soportan C++, y la mayoría de programadores de micros, no usa c++. Por que crees que es? El C++ es un lenguaje de alto nivel. Te recomiendo que te informes y estudies un poco que son los lenguajes de bajo nivel y los de alto así como sus ventajas y desventajas.
Y un compilador, por muy bueno que sea nunca jamás convertirá un código a ensamblador de la misma manera que lo haría un buen programador, al igual que un generador de código o el autorutin o mil cosas mas.
Por cierto:
sin dejar de ser limpio, portable y organizado.
Eso son cualidades del que programa, no del lenguaje.
Te propongo una cosa:
ya que tiene la ventaja de que se puede conectar con usb al computador y no son tan caros, al final tuve que acceder directamente a los registros, tambien toca desactivar toda esa plaga de micros() e interrupciones que trae por defecto que consume cpu.
Comprate una discovery de ST, o una freedom de NXP. Que también soportan C++ tienen usb, y son mas baratas y potentes que un arduino.
Y programa ahí, veras como si vienes de arduino, te echas a llorar antes de hacerla andar, y por otra parte puedes aprender lo que es programar un microcontrolador de verdad y no programar como en arduino, utilizaras solo lo que necesites y no tendrás que desactivar nada por defecto, aprenderás a configurar el reloj, los pines,... a arrancar un micro sin que te lo den hecho.