Hola.
No entiendo el porque el regulador de voltaje te "tira la bateria", yo estoy haciendo algo parecido, estoy utilizando una bateria de 9 V regulando con un 7805 para 5 V y asi poder alimentar el PIC, y también estoy sensando el voltaje de la bateria mediante el ADc, pero como ya te imaginaras no puedes introducir voltajes mas alla de los especificados por el fabricante, entonces lo que hice es un divisor de voltaje con dos resistencias iguales (yo estoy ocupando de 10 kohms); estas resistencias se conectan en serie y se concetan a la bateria de 9 V; como las resistencias son iguales, entonces del divisor obtengo la mitad de la bateria(4.5 V) lo cual estoy sensando por el ADC, y listo.......