Hola carlos, la confusión que has tenido es que has confundido microcontrolador con microprocesador, te explico los sistemas con procesador casi siempre, por no decir siempre se utilizan con un sistema operativo, pero distinto a los existentes para los microcontroladores es decir no un freertos por ejemplo.
Los procesadores se suelen programar en sistemas operativos que no son en tiempo real, o con tiempo real pero muy distinto a los de los microcontroladores.
No obstante, un procesador, tambien lo puedes programar en c u asm, sin necesidad de sistema operativo, a la actividad de programar un procesador con c o asm, sin un sistema operativo de por medio, se le llama "bare metal" y eso es lo que tu has encontrado, una guía para programar arm7 y arm9 en c con el compilador GNU ( creo, no me lo he leído solo le he dado jn vistazo)
Un saludo