Estas cableando mal, y lo más seguro es que cuando pases al PCB no te salgan las conexiones. Tienes que llevar el hilo justo al extremo de cada pin, no lo lleves más adentro o no conecta, aunque lo parezca.
Esas bolitas, en realidad no deberían de aparecer si conectas bien, como te he dicho, te salen porque en determinados casos Eagle te corrige el error y te conecta el hilo al pin, pero si estuviera bien conectado no te saldrían. Yo esas bolitas solo las pongo cuando en un mismo punto conectan varios hilos, pero es opcional y no cambia para nada las conexiones en el PCB.
En cuanto al diseño del chip, los pines no están todos a la misma distancia unos de otros, no te va a afectar al ruteo, pero no queda muy estético.
