Ya lo logre solucionar, realice el programa de manera que solo contara los metros y lo puse a imprmir en hyperterminal, y funcionaba bien. Examienando el codigo estoy utilizando una funcion en ccs, antes de imprimir la trama donde almacenaba los registros
strcpy(cmd,modbus.trama); // Lo copio para procesarlo
Basicamente copiaba modbus.trama que es la trama recibida del maestro modbus en otra de igual tamaño llamada cmd, pensando que asi evitaba que se solaparan los datos y salvaguardaba la trama.
Y al parecer como la funcion es para guardar una cadena de strig y los datos los guardaba en enteros, se presentaban los conflictos.
KILLERJC, eres grande!!, me ayudaron mucho tus aportes