Veo que en la última versión de STM32Cubemx (la 4.70), ya se puede generar código fuente para el System Workbench (opción SW4STM32), osea que se puede crear directamente un proyecto compatible Eclipse, y probablemente también para otros IDE gratuitos.
Importar proyectos de Keil a Em::Blocks es muy sencillo, creo que ya lo documenté en algún post. Solo tienes que crear un proyecto limpio ARM STM32 en Em::Blocks, para que se configuren todos los parámetros del compilador, enlazador y librerías, y añadir las librerías y el main del proyecto Keil. Ojo, no uses el .S (asembler) del proyecto Keil, porque te dará error, tampoco el linker script, esos dos que los cree Em::Blocks al abrir un proyecto nuevo.
No obstante, la ventaja principal de usar Eclipse, frente a Em::BLocks, es que Eclipse ya está soportado oficialmente por ST, a través del plugin de STM32Cube para Eclipse, mientras que Em::Blocks es el desarrollo de un particular a partir de Code::Blocks. Va a resultar mucho más eficiente y beneficioso usar Eclipse que Em::Blocks, de momento ya tenemos a STM32Cubemx totalmente integrado en Eclipse, algo que no creo que llegues a ver con Em::Blocks.
Sobre STM32Cubemx y los diversos Fx disponibles, en efecto es así, STM32Cubemx es el programa, y los archivos Fx son uno para cada Cortex, contienen librerías (HAL low level drivers, USB, File system, RTOS, Touch Sensing, Graphic) y programas ejemplo para ese Cortex en concreto. También desde el STM32Cubemx, una vez instalado, puedes descargar esos paquetes para el Cortex que vayas a utilizar.