Lo único que es bastante más cómodo tenerlo integrado en Atmel Studio, y saber que va a funcionar con todos los microcontroladores de Atmel a la primera sin problemas.
A día de hoy si se desarrolla con frecuencia con micros de Atmel sale mejor hacerse con el debugger que cuesta poco más que el avrisp mkii, tener la opción de debug puede ahorrar mucho tiempo cuando las cosas no funcionan.
Tengo que mirar el tema de los programadores, ando pensando en hacer uno de bajo coste, algo como esto:
http://arduino.cc/en/Main/ArduinoISPpero intentar poder darlo a un precio mucho más barato que Arduino, ya que ando estudiando la posibilidad de fabricar pequeñas placas en casa mediante horno de soldadura, y he elegido los avr para hacer la prueba.
Aún no sé si las pondré en tindie ya que ando viendo cómo de viable es lo de hacer pequeños lotes, y diseñar un programador de bajo coste es lo siguiente que tengo en mente. De momento iré haciendo los tutoriales con hardware de bajo coste a medida para poder realizarlos, independientemente de que ponga en tindie o no las placas me gustaría que los tutoriales fuesen útiles ya que hay mucha gente "anclada" en el entorno de Arduino, cuando usar un AVR es muy sencillito.
Saludos.