¿Estas seguro que al dar clic donde te indica el error (mk:275: recipe for target 'build/default/production/_ext/1472/main.o' failed), MPLAB X te apunta a esas variables que mencioné antes?
No, me envía a un archivo raro que no tiene nada que ver con el archivo fuente, es algo como makefile_default o algo así, saco una captura, es un proyecto diferente al anterior pero con el mismo problema
¿Has verificado con qué modelo de memoria RAM y de Programa estás trabajando? (Code MOdel, Data Model)
esto que me preguntas no lo entiendo, si me lo explicas, siento que mis conocimientos no lleguen a tanto 
Pongo un enlace a un pequeño proyecto que es para probar un LCD (es curioso me funciona perfectamente en proteus pero en hardware físico no me va el LCD, ya preguntaré en otro hilo para no desviarme del tema), el proyecto está realizado en MPLAB y lo migré a MPLAX, de todas maneras he probado ha hacerlo desde un principio en MPLABX y obtengo el mismo resultado.
Si me hago un proyecto en XC8 si me funciona perfectamente pero en C18 no.
https://mega.co.nz/#!QUsAxTYK!8rbTUGvz4syCaUGF3mvDLApI0ZFE3eZAdNetO1JfSAQ
Ese error sale cuando no tienes correctamente definidas las ubicaciones de tus funciones que estás en otros archivos.
Como te mencioné antes, ya logre compilar tu proyecto sin problemas, pero aparece una advertencia.
Para corregiral en main.c, al inicio declare la ubicación de tu función Init_Sistema así:
#include "Include/Inicio_Sistema/Init_Sistema.h"
void main(void){
..
etc
En el archivo Init_Sitema.c escribi el prototipo de tu función:
#include "Include/Common/config.h" //Librerías del proyecto
void Init_Sistema(void);
void Init_Sistema(void) //Variable donde inicializamos el sistema
{
.. etc
Al compilar tu proyecto, ya no aparece la advertencia.
Veo que tus funciones no tienen prototipos, deberías ponerlas.
