Yo todos los días trabajo con C18 v3.46, MPLAB X y el PIC18F4520 y compilo y debugo sin problemas, he estado desde MPLAB X 1.04, ya he probado la versión 2.20 sin problemas.
En la imagen que adjuntas, la variable DataInvPolar y la de abajo están subrayadas de color gris. Esos sucede cuando hay variables que no se utilizan.
Cuando hay error se subrayan de rojo.
¿Estas seguro que al dar clic donde te indica el error (mk:275: recipe for target 'build/default/production/_ext/1472/main.o' failed), MPLAB X te apunta a esas variables que mencioné antes?
¿Has verificado con qué modelo de memoria RAM y de Programa estás trabajando? (Code MOdel, Data Model)