Perdón me adelante, el proyecto que compile fue un proyecto que ya había creado con MplabX el cual modifique dentro de eclipse, así si que compila, project --> build all, pero al crear el proyecto dentro de eclipse no compila, creo que es porque no crea el make.
Voy a ver si doy con la manera de poder compilar con xc8 y os cuento.
Saludos!