Si configuras en Eclipse el compilador para que optimice el tamaño del objeto al mínimo (-Os), todas las funciones, definiciones, cabeceras, etc... que no se usen de las librerías, no deberían de formar parte del objeto, y su tamaño se reduce bastante. Es importante seleccionar el nivel correcto de optimización, se puede optimizar para conseguir un objeto más rápido (-O1, -O2, -O3) o más pequeño (-Os), según interese.
Para hacer Debug, creo que al igual que con los PIC32, no conviene optimizar, aunque todavía no lo he probado, pero con PIC32 te vuelves loco si tratas de debugear un objeto optimizado, muchas variables no se ven, y el programa hace cosas raras.