Hola Ituarte, con algo parecido a lo tuyo anduve indagando en la red de redes soluciones para mi caso, en tu situación Yo lo resolvería de dos formas,
_la primera, sencillísima, el PIC conectado a la fuente de respaldo que está a la tensión de "flote", y totalmente separado el hardware adjunto al pic, esto es, no comparte, GND ó +5V, porque en ese punto instalo un simple micro relé, que le quite la alimentación a toda esta circuitería inmediatamente al producirse un fallo en la alimentación principal. Con esto logro que el pic quede funcionando y corriendo su programa, con un consumo mínimo.
_la segunda (más elaborada y comleja) es que te pases a un pic de esos que tienen la posibilidad de emplear un oscilador interno (16F628/648, 16F819/88/87) y lo pongo a funcionar con este tipo de oscilador, replanteando el soft y hard, logro detectar el fallo de la fuente principal, ahora, desde el programa cambio la frecuencia del PIC, a la mínima accesible, con ello se minimiza el consumo en ese integrado, además, como en el caso anterior dejo sin alimentar la circuitería adjunta al PIC, también incorporo un DS1307, para emplear su NVRAM (56 bytes)) guardando una copia de la cuenta, esto por si la fuente falla con demasiada frecuencia, grabar valores en la EEPROM, la destruirá, en cambio en el DS1307 eso no sucede y me guardo una copia, al menos de la última cuenta.-