Señores, problema solucionado. cambiando la configuración analógica de All_analogs() por la configuración setup_adc(AN0_AN1_VREF_VREF) o setup_adc(AN0_AN1_AN3) (lo he probado con las dos configuraciones) ya me abarca todo el rango que tiene que abarcar el PIC. Por lo que supongo que era problema de la configuración analógica o de las referencias que cogía con esta configuración.
Muchas gracias a todos, quizas no me habéis ayudado directamente con el problema pero con vuestros comentarios me habéis ayudado a "rodear" el problema y localizarlo. Finalmente el problema no era la etapa amplificadora sino problema de programa. Gracias a todos.
Cuando lo tenga definitivamente acabado preguntaré al tutor si puedo colgarlo en el foro de proyectos para enseñarlo. Lo tengo que preguntar porque como es un proyecto para la universidad en que he tenido que firmar un papel que no haya problemas de confidencialidad.
Gracias de nuevo soys unos cracs