Hola,
eso es debido al indexador, que a veces no indexa correctamente todos los ficheros y te aparecen mensajes de error normalmente debido a que no encuentra algún fichero o declaración de cierta variable/constante, etc. La verdad que a mi me ocurre bastante a menudo, pero como ya se lo que es no le hago mucho caso, ya que al compilar no da errores en la consola de salida. Otra opción si no quieres ver dichos mensajes, ya que a veces te pueden causar confusión, yo lo que hago es cerrar el entorno y volverlo abrir, al menos a mi esto último funciona.
Sinceramente al MPLABX le faltan aun bastantes cosillas por pulir.
Un saludo.