Hola gsalon, para poder realizar trabajos en 3d tienes muchos programas, los mas usados a mi parecer son artcam, cut3d, enroute, aspire.... hay muchos, entiendo que cuando dices que vas a hacer matrices para mdf, es para realizar termoconformados no? si es asi, cualquiera de los programas anteriores te puede servir, hay otros programas mas especificos para moldes, como powermill, mastercam, camworks y otros, pero son mucho mas complicados de manejar.
Comentas que tienes el mach2, y preguntas si con el puedes trabajar en 3d, debes de saber que el mach2 es solo un programa para mover la fresadora, no para realizar diseños (bueno, tiene algunas herramientas simples pero nunca las he usado) por lo que siempre vas a necesitar dos programas, el mach para pasar impulsos a los motores de la fresadora y otro programa para crear la trayectoria de la fresa, en este caso un programa CAM.
un saludo
cchhaa
p.d. llevo toda mi vida laboral entre centros de mecanizado, fresadoras y tornos de control numerico, tambien se algo del funcionamiento de los motores de paso y controladoras, por lo que si en algo te puedo ayudar no dudes en preguntar.