en el pc usas la hyperterminal para obtener lo que envia el lector? si es asi no requiere inicializacion.
si usas un programa especializado, probablemente requiera inicializacion, pero descarto la opcion, ya que lee sin problemas al aplicarle voltaje.
no se me ocurre nada mas, puedes probar a con un pic capturar todos los datos que salen de la pc al momento de conectar el lector, y enviarlos por ejemplo al mismo pc o mostrarlos en una LCD, la linea TX del pc la conectarias a la RX del lector y la RX del pic, teoricamente no debieses tener problemas con esa conexion, ya que una es salida y dos son entradas, si llegase a salir algun dato o varios, es porque requiere inicializacion, y tu simplemente en tu firm le agregas esas lineas de codigo, y vuelves a probar la target con el lector, en el caso que no salieran datos, no se me ocurre donde este el problema.
Saludos!