El FT232 es personalizable, el otro no.
El FT232 tiene todas las lineas de control disponibles, el otro no.
El FT232 te da la posibilidad de configurarlo con tus propios IDs, directamente grabados en el chip, entiendo que el otro no.
El FT232 te da posibilidad de usarlo como RS232, RS485 o RS422, usando solo ese chip, mientras la linea CP tiene al menos dos chips distintos para esos usos...
Hay muchas mas razones, pero creo que estas 4 marcan las grandes diferencias entre esas lineas...