Ok jhon:
Lo que podrias hacer es ir al editor de empaques del PCB Editor, a la parte de librerias, cargar el empaque DB9 que quieres modificar y alli lo reeditas, como en tu circuito
el pad 5 del DB9 va a GND, el pad donde va el agujero del tornillo (que es un pad mas grande), seleccionalo para editarlo y lo enumeras como pad 5, igualmente haces lo mismo con el otro pad grande.
Luego este nuevo empaque lo grabas con otro nombre, puede ser DB9_gnd y compruebas que se a añadido a tu libreria de empaques.
Luego te vas a CVpcb y alli le cambias el empaque DB9 antiguo, por el empaque DB9_gnd ; luego haces el "Read NetList" y haces la conexion del nuevo empaque.
Disculpame que no te de muchos detalles, yo hice algo parecido hace un tiempo, pero a grandes razgos asi lo hice.
Saludos