Hola, significa que cada instrucción se traduce en más de ensamblador, esto quiere decir que ocupa mas espacio en la memoria de programa, por este motivo la gestión en el micro es más pesada. También tendrás mayor grado de imprecisión en el manejo de interrupciones (sobre todo temporizadores)...
Vamos, en resumen, que si quieres que funcione bien con programas complicados, lo pagas y si no, pues hay que aguantarse con lo gratuito, que en muchas ocasiones sobra.
Espero que te aclare algo,
Un saludo.