puede ser que te este perdiendo pasos, pero si antes no lo hacia... mal rollo. algo ha pasado

si es holgura en el eje que antes no tenias, se esta desgastando algún casquillo, cambialo antes de que se cargue el eje roscado u viceversa. yo uso antiblocante de teflon con bronce para que no gripen las roscas. un poco sucio pero funciona.
tambien puede ser algun ajuste que se haya soltado, revisa la maquina, reapreta todo e intenta usar de eso pá que no se aflogen los tornillos (no me acuerdo como se llama)
u podría ser que uno de los motores u driver este pasando a mejor vida, y empieze a dejar de tener fuerza (que me ha pasao). por lo que pierde pasos. pá esto poca solución, aunque podrías probar a ajustar la vref, vaya a ser que se haya ido.
si ves que no es ninguna de estas cosas y das por descartado el soft. solo te queda calibrar. te recomiendo que hagas el ruteado de una espiral y juegues con el backlash del mach hasta ajustarlo. si pones que lo haga al 10 ó 25% de la velocidad, puedes diferenciar entre el movimiento normal y el de corrección hasta que haga las espirales perfectas