Hola
¿Chequeaste que tu programa reciba correctamente una transmisión serie directa? En caso de que no lo hayas hecho, te aconsejo que uses el Virtual Serial Port Emulator (VSPE) es gratuito y te permite definir un par de puertos serie virtuales en tu PC. Le asignas uno al hyperterminal y el otro a tu programa y asi podes simular una transmisión como si fueran dos PC.
Si estás segura de que tu soft funciona bien, entonces sólo me queda pensar que el control del puerto serie no esté configurado exactamente igual que el hyperterminal.
Si es así deberías subir el código.
Yo nunca hice una aplicación usando Bluetooth, pero hice muchas usando el puerto serie de VB6 y cada vez fue una aventura...