a mi nunca me ha pasado eso xD
lo de ponerle los breakpoins y que no te deje me ha pasado con el pickit tambien, el problema puede ser el siguiente: que haya breakpoints de otras ocasiones (lo mejor es hacer remove all breakpoints). O bien que ese codigo al optimizarlo el compilador lo elimina, me paso en una ocasion, por ejemplo si pones int i; i=1+2; y no usas mas "i" el compilador elimina todo ese codigo, y no se le puede poner breakpoint sale como un breakpoint sin la B
Deberian haber hecho el MPLAB tipo mplab x desde un principio, pero no hacerlo con java que relentiza bastante. Tipo visual studio estaria perfecto. Yo me conformaria con poder poner los codigos por ventanas, y que cuando pongas el "." te indique que opciones tienes.