yo he usado el mplabx y esta bastante bien, es algo lento, y a veces se queda bloqueado, pero es normal es una beta, ademas funciona de forma distinta.
Hace unos dias lo deje porque estaba con un pic18f46k80 y no me lo programaba correctamente, ni tampoco hacia el debug, supongo que sera un bug, o que esta incompleto, pero me comi demasiado la cabeza y al final era el mplabx, en el mplab fue a la perfeccion desde el principio.
Te puedo decir que vayas actualizando, quizas se resuelva tu problema, o directamente esperes a que acabe la beta.