Efectivamente, no posee timer2 el micro 16f688, bastante raro...
Si solo se usa el timer2, probablemente puedes pasarte al timer0 o timer1, aunque este ultimo es de 16bits.
Otro error de registros, es que el 12F tiene solo un registro IO, llamado GPIO, con su respectivo TRISIO, en los micros 16F se llaman PORTA PORTB, en micros pequeños, y en mas grandes hasta la letra E, todos con su respectivo TRISx (TRISA TRISB...) Tienes que cambiar esas partes
Para que migres a otro timer (si es que no se usa otro), quiza sea al timer0, porque hasta donde vi no lo estas usando, tienes q leer un poco la hoja de datos para que veas como funciona o busques algo de informacion aca en el foro, que hay bastante hablado del timer0.
Por ultimo el config word, asegurate de que son correctas los configuraciones para el 16f688
saludos.