Hola compañero.
Hasta donde sé, no es posible intercambiar las patillas H y L. Tampoco se pueden cambiar en tiempo de ejecución las palabras de configuración, en las que se define el período activo del PWM como a nivel alto (3,3V) o a nivel bajo(0V), lo cual te permitiría seguir operando con la H como señal activa ya que el hardware cambiaría el período activo por 0V cuando deseas ir en reverso.
Por tanto tienes que hacer algún apaño software. Por ejemplo, define una variable con un bit de sentido, de manera que cada vez que llames a una función, intercambie el "ACTIVO" por 0 ó 1 si el bit de sentido es uno u otro.
Suerte.