otra idea para intentar:
quita los BP con las 2 opciones que salen en el menú contextual (no recuerdo en estos instantes, pero hay uno que desactiva y el otro que los borra completamente)
porque suele suceder que detienes la simulación, y añades unas cuantas lineas de programación, y entonces cuando haces el traceo, el proteus no sabe la ubicación de la línea donde estaba el BP. Pareciera que el proteus mete los BP por las líneas de la ventana y no por las líneas de código..