Hola morph79.
Es completamente posible tener 2 temporizadores/contadores funcionando al mismo tiempo. La mayoría de los microcontroladores de la gama media poseen hasta 3 de estos con un pre-escalador independiente para cada uno de ellos, y solo tienen en común la frecuencia de reloj del microcontrolador.
Ahora, creo que para tu proyecto con un solo temporizador es suficiente, seria cuestión de establecer un temporizador como base de tiempo para que interrumpa cada 1 minuto por ejemplo. Luego, teniendo en cuenta la cantidad de interrupciones que han ocurrido a partir del reinicio de cada una de las salidas (minutos/interrupciones) se pueden tomar las acciones que correspondan a cada una de las salidas. Lo mismo ocurre para establecer el tiempo que las salidas deben permanecer activas, en caso de que las salidas no queden activas indefinidamente.
por ejemplo esta corriendo la salida 1 y lleva 1:30 de tiempo y el retardo lo puse a 2 horas y si yo enciendo la otra salida y le pongo 1 hora que empieze la cuenta regresiva pero sin afectar el timer de la otra salida.
Según los datos de tu ejemplo, una de las formas de aplicar lo que menciono anteriormente sería de la siguiente manera:
RESET "1" --> SALIDA "1" = 120 minutos restantes (registro_1 = 120)
V
1 interrupción (1 minuto transcurrido) --> restar 1 a registro/s, activar salida_"x" si registro_x = 0
V
SALIDA "1" = 119 minutos restantes (registro_1 = 119)
V
89 interrupciones/minutos mas tarde... --> 89 * (restar 1 a registro/s, activar salida_"x" si registro_x = 0)
V
SALIDA "1" = 30 minutos restantes (registro_1 = 30) & RESET "2" --> SALIDA "2" = 60 minutos restantes (registro_2 = 60)
V
30 interrupciones/minutos mas tarde... --> 30 * (restar 1 a registro/s, activar salida_"x" si registro_x = 0)
V
SALIDA "1" = 0 minutos restantes (registro_1 = 0) --> activar SALIDA "1" & SALIDA "2" = 30 minutos restantes (registro_2 = 30)
V
30 interrupciones/minutos mas tarde... --> 30 * (restar 1 a registro/s, activar salida_"x" si registro_x = 0)
V
SALIDA "2" = 0 minutos restantes (registro_2 = 0) --> activar SALIDA "2"
Es mas mucho mas fácil de lo que parece, de todas formas si no se entiende podes preguntarme de nuevo
Saludos!