Hola Pulkon.
Lo ideal para evitar poner baterías grandes y recargarlas, etc. La solución sería mantener el DS1307 funcionando con su batería de respaldo, la cual puede durar años. Ahora lo que necesitas es que el switch que detecta la apertura de la máquina esté colocado de tal manera que cuando la máquina esté cerrada mantenga el circuito abierto, y cuando se abra la máquina cierre el circuito, el cual será simplemente un switch de encendido para que comience a trabajar el microcontrolador, en el cual la primera instrucción será leer los datos del DS1307 y guardarlos en su memoria eeprom. Con este sistema no necesitas una gran batería, ya que prácticamente solo comenzará a aportar energía cuando se viole la garantía. Otro consejo, es no colocarle un display a tu circuito, lo ideal es que el cliente no se de cuenta de que existe un "candado". Lo ideal en mi humilde opinión, es hacer el circuito lo menos notable posible. Y para cuestión de costos te sale mucho mejor hacer los módulos sin LCD, y fabricar aparte un "lector" de dichos candados. Solo colarías a tus candados, salidas para la LCD de tu lector.
Espero que encuentres útiles mis sugerencias, saludos.