Muy sencillo compañero,
primero bajate el CDT una vez bajado ya tienes el pluging para compilar en c/c++.
Luego en el makefile de cada proyecto tendrás que agregar el compilador a usar, en este caso el arm-gnu-gcc-eabi-linux o algo así, para ello pones la linea al principio del makefile
CC = arm-gnu-gcc-eabi-linux
Luego tienes que exportar o poner el path del crosscompiler en el $PATH o bien ponerlo en el bash.rc. Te recomiendo este último de lo contrario sólo te valdrá para la consula que hayas exportado el path y del otro modo te queda para siempre aunque tienes que reiniciar el computador.
Por curiosidad, ¿qué micro estas programando?
Un saludete y espero que te sirva compañero.