Hola Sergio:
Una vez instalado el proteus, solo tienes que dibujar el circuito fisico que vas a montar con: el micro, oscilador, condensadores, resistencias, reles, pulsadores, interruptores,......... vamos con todo lo que vayas a montar. Una vez realizado eso y con tu programa compilado (fichero *.hex) que te generó NIPLE, le dices la ruta de la carpeta donde está ubicado y tendras la respuesta de lo que has programado: Veras activarse reles, como responde el micro a las señales de entrada,......
Es mas podras realizar la ejecucion del programa "CASI" en tiempo real y ademas podras ejecutarlo paso a paso, que te servira para poder encontrar errores o mejoras. Pero eso ya lo dejamos para mas adelante.
Pero fijate que antes dije"CASI". Esto es asi porque el programa Proteus al fin y al cabo es un"SIMULADOR" y lo que obtengas aunque este mas o menos bien no se puede correponder con la realidad como por ejemplo el valor de los tiempos. Me explico 1segundo en la realidad en Proteus puede suponer varios segundos, por que una de las variables que influye en ello será tu PC: velocidad del procesador, cantidad de memoria disponible, cantidad de programas que este ejecutando el PC de manera oculta (ejemplo antivirus), vamos ..........
Para tu informacion el proceso que realizo normalmente es el siguiente:
1º planteamiento del programa
2º revision y depuracion en entorno de desarrollo. Ejemplo con NIPLE
3º simulacion en proteus (hay gente que este paso se lo salta) con su correspondiente depuracion y correccion
4º prueba en placa de desarrollo ( llamados normalmente entrenadores) con esto ya es una prueba mas en tiempo real con sus correspondientes depuraciones y correciones y
5º montaje y prueba del circuito final.
Espero que esto tambien te sirva de ayuda
Fermin