las tierras estan unidas para que tengan un punto en comun (GND) para las entradas TTL tanto de CLk, Dir, HALf/ Full, ademas tambien sirve para que se cierre el circuito de las resistencias de sensado de corriente, ahora respecto a la corrienten cada motor tiene que estar a diferente Vref, porque corres es riego de que se quemen debido a una sobrecarga de corriente.
Vref=ImotorxRs
no creo que sea problema que regules mediante el potenciometro, si los mosfet se calientan demasiado, talvez debas bajar la carriente de tus motores, ya que cuando trabajen con carga, esos mosfet pueden quemarse, seria mejor que comsigas unos buenos disipadores de calor para los mosfet.
Saludos