Hola Cerbero!
La programacion de los fuses como todos microcontrolador no es nada facil, eso siempre depende del micro que use, si lee en el Datasheet del micro que tu usa hay explica muy bien lo que hace, debe pensar que los micros tienen diferente modulo incorporado,i2C,UART, SPI,ADC etc, uno lo llevan y otros no, por eso siempre se debe tener la hoja de datos con el micro que este trabajando, el primer link que pusiste a mi no me abre, el segundo ya la conozco y si te pone a jugar con el o intenta trazducir la pagina te dara cuenta de algunas funcion, por otro lado del programador Winpic800 no lo uso , cada programador para atmel lleva una configuracion de Fuse muy diferente, tampoco aqui ha dicho que lenguaje tu hace para darte quizas mas detalle.
Saludos