No entiendo muy bien lo que quieres hacer, si vas a comunicar por infrarrojos, como un mando a distancia, para que quieres el rs232?.
En la comunicacion IR el pin TX ira al diodo LED IR no? ahi gereras el codigo a transmitir mediante el encendido y apagado del LED cada X tiempo, este tiempo tienes que tenerlo en cuenta en el programa del receptor para que cada X tiempo chequee la entrada donde estara el fototransistor, lo leeras y haras que haga lo que tu quieras.
Lo normal es que le mandes un 1 de inicio de transmision ya que el tendra un 0, no estara recibiendo luz, en cuanto le llegue un 1 le indicara que le va a llegar una transmision, y a continuacion el codigo, lo lees y actuas en consecuencia.
Los LED IR creo que tienen un alcance de 17 m, por lo menos algunos que vi por ahi.
Saludos