En el PIC16F628A no puede grabarse la FLASH desde el mismo programa del micro, si se puede guardar variables en la FLASH en el momento de compilacion, cada posicion de memoria tiene 14 bits, por lo cual no vas a poder guardar 16bits. Lo que vas a poder guardar si es 8 bits por cada lugar, Y seguramente sea reemplazado por RETLW los valores de la misma.
Si vas a poder guardarlo en la EEPROM, no importa si son de 16/24/32 bits, siempre se van a ir guardando de byte a byte, es decir, si tenes un entero de 16 bits, procedes a tomar los bits de menos peso y guardarlo en una posicion de memoria ( ejemplo 0x00 ) luego tomas los 8 bits de mas importancia y lo guardas en el que sigue ( 0x01 ) , para reconstruir podes hacer el paso inverso anterior, lees las 2 posicion de memoria, y usas make16 o desplazas en 8 bits al mas grande y lo sumas al mas pequeño guardandolo en una variable de 16bits.