Esta claro que si le aplicas mas de 5V al pic este va a salir corriendo echando humo.
Para aislarlo depende del tipo de señal a utilizar, si es analogica puedes utilizar algun tipo de integrado con separacion galvanica entre entrada y salida. Ejemplos IL300, ISO122, HCPL7800( este ultimo no estoy seguro, pero hay uno de este fabricante que te podria venir bien, mañana podria indicarte exactamnete cual) depende tambien mucho de las alimentaciones de la entrada analogica y de la digital
Pero de una cosa si estoy seguro es que deberias de utilizar dos tensiones de alimentaciones distintas.
Fer.