Lo mas logico en tu programa es que cuando vayas a utilizar el pin como entrada configures pin del puerto como entrada y cuando lo vvayas a utilzar como salida pues reconfiguras el pin del puerto coomo salida.
No obstante mi consejo es que evites en lo posible esa utilizacion. ¡Ojo! no digo que no funcione, sino que debes de comprobar muy bien lo que quieres realizar y que reconfigures el pin del puerto siempre antes de utilzarlo.
Fermin