Hola,
Para que te quede el hueco en la PCB en Eagle3D, tienes que hacerlo en la capa dimension.
El problema que creo que hay es que para que te "vacíe" la PCB, el dibujo ha de ser un polígono cerrado que marque el contorno, y al hacerlo con el importbmp.ulp, lo que te crea son muchos polígonos que hacen el dibujo, pero sin realizar un vaciado en sí en la PCB. No se si me he explicado bien.
Voy a ver si lo pruebo y te digo algo.
Salu2