Hola amigo, pues lo que yo hago es lo siguiente:
Tengo instalados tanto CCS 4.0 como Mplab 8.3, luego abro Mplab y creo un nuevo proyecto, cundo me pide seleccionar el lenguaje selecciono CCS C compiler For PIC10/12/14/...
luego el la location si no está configurado el compilador busco el ejecutable Ccsc.exe, por lo general está en "C:\Archivos de programa\PICC\Ccsc.exe", ahora continúo la cración del proyecto normal.
ya de esta forma puedes abrir perfectamente cualquier archivo creado en CCS y trabajarlo conjuntamente con todas las herramientas del Mplab
saludos.