Yo también soy un novato y además, también utilizo mi CNC para taladrar casi exclusivamente.
A fuerza de probar, he encontrado un método que a mí me funciona bien, aunque supongo que hay maneras más cómodas de hacerlo, ya nos lo dirá alguien con experiencia por aquí.
Lo que yo hago es buscar una línea recta en la PCB, en el eje X o el eje Y, lo más larga posible. La línea puede ser el borde del plano de masa, o puede ser también una línea virtual que una dos pads en los extremos de la PCB, pero siempre tiene que ser paralela al eje X o eje Y de la máquina.
Ahora posiciono la CNC en un extremo de la línea, lo más preciso posible, y la sujeto con un poco de cinta por ese lado. Muevo la CNC a lo largo del eje X o el Y, dependiendo de la línea, y me aseguro que en el otro extremo la CNC también esté justo encima. Hago los ajustes moviendo la PCB un poco y la sujeto con cinta. Vuelvo al primer extremo para asegurarme que en el ajuste no ha cambiado y ya puedo sujetar la PCB firmemente.
Para calibrar las coordenadas de la máquina hago lo siguiente: miro en el g-code cuál es el primer pad que va a taladrar y en qué coordenadas está. Llevo la máquina hasta ese pad. Y en Match le digo que las coordenadas relativas en ese punto son las del g-code. De esta manera, cuando le doy al Play, ya hace ese primer taladro sin moverse y los movimientos a partir de ahí coinciden con los agujeros.