si parece raro que tenga más de 2 bytes, pero seguramente el ccs sabrá bien como manejarlo, si no sin dudo hay un error por allá o provoque algún error, no he trabajado mucho con comparadores analógicos, pero lo que te recomiendo es que lo configures como lo necesites, deberás hacer:
setup_comparator(A0_A3_A1_A3); //si quieres que todos los comparadores estén activos
ó alguna otra configuración si quieres salvar pines por ahí, y probablemente debas usar:
setup_comparator(A3_VR_A2_VR | CP1_INVERT); //para colocar más de una configuración cuando es posible.
Aunque experimente con A0_A3_NC_NC_OUT_ON_A4, por decirlo nada más, con otro micro pensando que los que se configuran como NC deberían ser simples salidas o entradas digitales, pero no cumplen esta función o es que llevo algún concepto errado o el CCS está trabajando un poco mal??
saludos!