Se nota el parpadeo de 5ms ??
Woaw, que buena vista tienes.
Pero si, creo que estas haciendo algo mal.
¿Podrias publicar el diagrama de tu ciclo principal?
El que esta escribiendo en la eeprom y mostrando en el display.
Estoy seguro que tu problema esta ahi.
Como dato curioso, precisamente la eeprom tarda unos milisegundos en guardar en ella, pero si solo guardas un dato, no deberia ser notorio en el display.
Saludos!
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Mike79