Gracias por los tips, es que después de estar moviendo componentes me di cuenta del problema. En Altium 2004 cuando se mueve un solo componente se acomoda correctamente en el grid, pero cuando se mueven varios componentes al mismo tiempo ya no se ajustan al grid.
Pero ahorita ya quedó la placa, solo era cuestión de regresar al uso de Altium porque hace 2 años que no lo usaba jeje