Hola Dani, jejeje justamente lo probe con una MicroSD SanDisk, pero como te comente antes no lo probe a full, lo que no sabia era que no estaban obligados a soportar el SPI, lo mas raro de todo es que ni NoteBook que lee cualquier cosa tampoco la reconoce :S. Con respecto al SCSI me imagine que era algo parecido, despues con tiempo voy a leer el link. Lo bueno del micro que usas es que es el mismo core del SH32 y seguramente usarias el mismo compilador, please comentame los avances y cualquier problema que tengas asi te doy una mano.
Mire con mas detalle la nota de aplicación, y es tal cual como vos decis, esta escrito el soporte a USB, SPI y acceso a la SD, pero nada de file system, seguramente el S.O. le hace request al micro para que lea/escriba sectores o clusters, en modo stand-alone te sirve el mini file system para guardar datos.
Saludos !