Hola.
El WDT es un timer para reiniciar el micro, es decir lo resetea por soft cada cierto tiempo. La temporizacion por intervalos la puedes hacer con cualquier timer, lo que debes verificar en el programa principal es el flagg que activas en la funcion de interrupcion.
Los microcontroladores se programan secuencialmente, es decir, no se pueden tener dos procesos corriendo simultaneamente, pero si se puede, mediante interrupciones, gestionar los procesos en funcion de su prioridad.
Saludos